目前孤独症的病因仍不明了，有关学者对孤独症的病因开展了极为广泛的研究，越来越多的证据表明生物学因素(主要是遗传因素)和胎儿宫内环境因素，在孤独症的发病中有重要作用，成为目前病因研究的热点。其他因素包括感染免疫因素、营养因素等。综合有关研究，目前认为孤独症是由于外部环境因素(感染宫内或围生期损伤等)作用于具有孤独症遗传易感性的个体所导致的神经系统发育障碍性疾病。